Karbonhidrat yağ protein sindirimi, fiziksel ve kimyasal sindirim olarak ikiye ayrılır. Büyük moleküller halinde alınan besinler, önce ağızda fiziksel sindirime uğrar. Bunun sonucunda ufak parçalara ayrılan karbonhidrat yağ protein sindirimi sisteminin farklı bölümlerinde kimyasal sindirime uğrar. Kimyasal sindirim, hormonların kontrolünde salgılanan enzimlerle gerçekleşir. Kimyasal sindirim hidroliz reaksiyonu olduğu için enzimlerle birlikte suda kullanılır. Sindirim sonucu oluşan besin monomerleri daha sonra kana emilerek hücrelere ulaştırılır.

Bütün canlılar tarafından birinci dereceden enerji verici olarak kullanılan karbonhidratların sindirimi ağızda başlar. Tükürük içinde bulunan amilaz enzimi pişmiş nişasta ve glikojene etki ederek onları maltoz ve dekstrinlere parçalar. Yemek borusundan mideye gelen karbonhidratlar, midede kimyasal sindirime uğramazlar. Mide içindeki HCI sayesinde ortam asidik oduğu için karbonhidratların sindirimini sağlayan enzimler midede görev yapamaz.

Yapıcı ve onarıcı olarak kullanılan proteinler gerek olursa enerji olarak da kullanılır. Proteinlerin kimyasal sindirimi midede başlar. Midede belirli basamağa kadar sindirimi yapılan proteinlerin sindirimi daha sonra ince bağırsakta devam eder. Ağızdan gelen besinler.

Yemek borusundan mideye geçerken pilor bölgesindeki bazı bezleri uyarır. Mide boşluğuna bezlerden salgılanan mide öz suyundaki enzimler, protein sindirimini başlatır.

Sıvı ya da katı olarak sindirim sistemine alınan yağ, organizmada yapı ve enerji maddesi olarak kullanılır. Yağların kimyasal sindirimi ince bağırsakta başlar ve tamamlanır. Besin karışımı mideden ince bağırsağa geçerken onikiparmak bağırsağında sekretinin ve kolesistokinin hormonları salgılanır. Sekretinin uyarmasıyla pankreastan yağların sindirimi için lipaz enzimi salgılanır. Kolesistokinin hormonu ise an yoluyla karaciğeri uyararak, onikiparmak bağırsağına safra sıvısının salgılanmasını sağlar. Safra salgısı, yağları daha küçük parçalara ayırarak bir çeşit mekanik sindirim gerçekleştirir.